Ūdens attīrīšanas iekārtu apkope tieši ietekmē to attīrīšanas efektu un kalpošanas laiku, tādēļ ir jāizveido standartizētas darbības un pārbaudes procedūras. Regulāra apkope ietver iekārtas darbības stāvokļa novērošanu, ieplūdes un izplūdes ūdens spiediena pārbaudi, kā arī produkta ūdens plūsmas ātruma un TDS vērtības reģistrēšanu. Šie pamatdati palīdz ātri noteikt neparastas tendences, piemēram, produkta ūdens plūsmas samazināšanos vai vadītspējas palielināšanos, kas var liecināt par filtra aizsērēšanu vai membrānas piesārņojumu.
Filtru nomaiņa ir apkopes galvenais uzdevums. PP kokvilnas filtri parasti tiek nomainīti ik pēc 3–6 mēnešiem, bet aktīvās ogles filtri – ik pēc 6–12 mēnešiem, ar noteiktu intervālu atkarībā no neapstrādāta ūdens kvalitātes un ūdens patēriņa. Ultrafiltrācijas vai reversās osmozes membrānu kalpošanas laiks parasti ir 2–3 gadi, taču to lielā mērā ietekmē ūdens kvalitāte. Ieteicams izveidot nomaiņas atgādinājuma mehānismu, lai izvairītos no ilgstošas lietošanas, kas izraisa sekundāru piesārņojumu vai sistēmas efektivitātes samazināšanos.
Svarīga ir arī regulāra tīrīšana un dezinfekcija. Pēc ilgstošas-darbības baktērijas var viegli vairoties uz filtra virsmas un cauruļu iekšējām sienām, veidojot bioplēvi. Cirkulācijas tīrīšanai ir nepieciešami specializēti tīrīšanas līdzekļi. RO sistēmām ķīmiskā tīrīšana ir ieteicama ik pēc 6 mēnešiem, lai atjaunotu membrānas plūsmu. Ultravioletās spuldzes jāmaina ik pēc 1–2 gadiem, lai nodrošinātu sterilizācijas efektivitāti vismaz 80%.
Turklāt regulāri jāpārbauda elektriskie savienojumi, sūkņa un vārsta darbība, kā arī blīvējums, lai novērstu noplūdes vai elektriskās darbības traucējumus. Iekārtām ar ūdens uzglabāšanas tvertni tvertne ir regulāri jāiztukšo un jātīra, lai nepieļautu, ka stāvošais ūdens vairojas mikroorganismi. Ieteicams, lai profesionālis katru gadu veiktu visaptverošu veiktspējas pārbaudi, tostarp produkta ūdens kvalitāti, plūsmas atgūšanas ātrumu un sistēmas blīvējumu.
